Thông tư 121/2025/TT-BTC đặt ra nhiều thay đổi trong hiện đại hóa quản lý hải quan nhưng quá trình triển khai đã bộc lộ nhiều “điểm nghẽn” với doanh nghiệp chế xuất, đặc biệt ở các giao dịch hàng hóa ra vào phục vụ sản xuất…

Từ ngày 1/2/2026, Thông tư số 121/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính chính thức được áp dụng, sửa đổi nhiều quy định liên quan đến thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Tuy nhiên, khi đi vào thực thi, nhiều doanh nghiệp chế xuất phản ánh chính sách mới phát sinh không ít vướng mắc do đặc thù của khu vực này là hoạt động sản xuất gắn liền với việc thường xuyên đưa hàng hóa ra vào nhà máy để sửa chữa, kiểm tra hoặc đóng gói trong thời gian ngắn.

Cụ thể, Khoản 45 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi Điều 74 Thông tư 38/2015/TT-BTC quy định hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất phải làm thủ tục hải quan và sử dụng đúng mục đích sản xuất.

Ngoài ra, hàng hóa doanh nghiệp chế xuất nhập khẩu từ nước ngoài đã nộp đủ thuế, hoặc mua từ nội địa và nộp đủ thuế như doanh nghiệp thông thường thì khi mua bán với doanh nghiệp nội địa không phải làm thủ tục hải quan.

Riêng trường hợp doanh nghiệp chế xuất mua hàng trong nước có thuế suất thuế xuất khẩu để làm nguyên liệu cấu thành sản phẩm xuất khẩu thì vẫn phải làm thủ tục hải quan, Thông tư 121/2025/TT-BTC nêu rõ.

Điểm gây nhiều băn khoăn cho doanh nghiệp là quy định mới đã lược bỏ cơ chế cho phép lựa chọn mở hoặc không mở tờ khai đối với hàng hóa đưa ra, đưa vào doanh nghiệp chế xuất để sửa chữa, bảo hành, kiểm tra, phân loại hoặc đóng gói lại.

Bên cạnh đó, với những hàng hóa phải thực hiện thủ tục kiểm tra chuyên ngành như dán nhãn năng lượng, doanh nghiệp còn gặp lúng túng trong việc xác định cơ quan thẩm quyền có mở tờ khai đối ứng cho doanh nghiệp chế xuất hay không?

Từ thực tiễn này, các doanh nghiệp kiến nghị cho phép tiếp tục áp dụng cơ chế linh hoạt đối với hàng hóa ra vào để sửa chữa, bảo dưỡng, kiểm tra, phân loại hoặc đóng gói lại trong thời gian dưới 30 ngày được lựa chọn làm hoặc không làm thủ tục hải quan.

Trước các phản ánh này, Cục Hải quan cho biết pháp luật hiện hành vẫn cho phép doanh nghiệp chế xuất và đối tác được lựa chọn cùng đăng ký hoặc cùng không đăng ký tờ khai hải quan trong các trường hợp: (i) hàng hóa phục vụ các hoạt động theo quy định tại Nghị định số 35/2022/NĐ-CP, (ii) hàng hóa phục vụ kiểm tra, kiểm định, kiểm nghiệm, phân loại hoặc nghiên cứu và phát triển, (iii) hàng hóa luân chuyển giữa các nhà máy trong nội bộ cùng một doanh nghiệp chế xuất hoặc giữa doanh nghiệp chế xuất với chi nhánh phụ thuộc.

Trong trường hợp doanh nghiệp chế xuất và đối tác cùng lựa chọn không đăng ký tờ khai hải quan, doanh nghiệp phải thông báo bằng văn bản cho cơ quan hải quan quản lý trước khi đưa hàng hóa ra vào doanh nghiệp chế xuất và phải tuân thủ đầy đủ chế độ hóa đơn, chứng từ.

Nếu đối tác là doanh nghiệp ưu tiên thuộc diện phải đăng ký tờ khai, thủ tục sẽ được thực hiện theo áp dụng khoản 6 Điều 86 Thông tư số 121/2025/TT-BTC, Cục Hải quan nhấn mạnh.

Một khía cạnh khác cũng được doanh nghiệp đặt ra là Thông tư 121 bỏ quy định cho phép doanh nghiệp chế xuất lựa chọn mở tờ khai đối với hàng hóa luân chuyển trong nội bộ.

Điều này làm phát sinh câu hỏi về trường hợp doanh nghiệp đồng thời thực hiện gia công và sản xuất xuất khẩu, khi nguyên liệu nhập khẩu được sử dụng luân chuyển giữa hai loại hình thì có phải thực hiện thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ hay không?

Phản hồi về vấn đề này, Cục Hải quan khẳng định với hàng hóa nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất thuộc đối tượng không chịu thuế, việc chuyển mục đích sử dụng giữa gia công và sản xuất xuất khẩu không phải làm thủ tục chuyển mục đích sử dụng.

Bên cạnh các vướng mắc về mở tờ khai, nhiều doanh nghiệp cũng phản ánh khó khăn trong việc xác định chứng từ khi đưa hàng hóa, công cụ, dụng cụ ra nội địa để sửa chữa, bảo hành.

Cục Hải quan cho biết, tùy bản chất hoạt động kinh tế và quy định pháp luật về hóa đơn, chứng từ, doanh nghiệp có thể sử dụng linh hoạt các loại giấy tờ như phiếu xuất kho, phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, hóa đơn bán hàng, hóa đơn thương mại hoặc hóa đơn giá trị gia tăng khi thực hiện thủ tục hải quan.

Đáng chú ý, Cục Hải quan cho biết đối với các trường hợp trước ngày 1/2/2026 doanh nghiệp chế xuất và đối tác cùng lựa chọn không làm thủ tục hải quan khi đưa hàng hóa ra vào doanh nghiệp thì sau thời điểm Thông tư 121 có hiệu lực vẫn tiếp tục được áp dụng cơ chế này khi nhận lại hàng hóa, qua đó tránh phát sinh thủ tục hồi tố và bảo đảm tính ổn định cho hoạt động sản xuất.

Thông tư này được kỳ vọng là bước tiến quan trọng trong lộ trình hiện đại hóa quản lý hải quan, chuyển mạnh từ tiền kiểm sang hậu kiểm và quản lý rủi ro dựa trên dữ liệu.

Tuy nhiên, vẫn cần tiếp tục làm rõ các tình huống đặc thù của doanh nghiệp chế xuất, đặc biệt là những giao dịch có thời gian ngắn nhằm hài hòa giữa yêu cầu quản lý và nhu cầu vận hành của doanh nghiệp.